Через п’ятдесят років після Другого Вселенського собору виникла потреба скликати новий Вселенський Собор з приводу лжевчення Константинопольського архієпископа Несторія, який пішов ще далі, ніж Арій. Він стверджував, що Христос не Бог-Син, а всього лише людина, в яку за святість життя зійшов Св. Дух, Котрий перебував в Ісусі, наче в храмі, подібно до того, як раніше перебував у Мойсеї та інших пророках. Тому і Самого Господа Ісуса Христа Несторій називав Богоносцем, а не Боголюдиною, а Пресвяту Діву, котра, за твердженнями Несторія, народила не предвічного Бога, а просту людину – Христа, слід було називати Христородицею, а не Богородицею.
Несторія в єресі підтримав константинопольський клір та Антіохійський патріарх Іоанн. Проти палко виступив Александрійський патріарх Кирил, який захищав вчення про те, що Христос із самого моменту Свого втілення був “досконалим Богом і досконалою людиною”. Згодом до нього долучився і Римський Папа Целестин.
Для вирішення суперечки імператор Феодосій ІІ Молодший скликав Третій Вселенський Собор. На Соборі, що проходив з 22 червня по 31 липня 431 року в місті Ефес (сучасна Туреччина), були присутні 200 єпископів, більшою частиною східні, серед них святителі Кирил Александрійський, Ювеналій Єрусалимський, Мемнон Ефеський. Представниками Римського Папи Целестина були три легати. Головував на Соборі Кирил Александрійський.
Собор засудив і відкинув єресь Несторія і постановив визнавати з’єднання в Ісусі Христі, з моменту втілення, двох природ: Божої і людської; а Пресвяту Діву Марію іменувати Богородицею.
Собор також затвердив Нікеоцаргородський Символ віри і з метою зберігання його цілісності, суворо заборонив робити в ньому які б то не було зміни і доповнення.
Разом з лжевченням Несторія було засуджене і пелагіянство, яке довгий час залишалося популярним, особливо на заході. Британський чернець Пелагій учив, що людина на початку була від Бога створена смертною; Адам через своє гріхопадіння ніскільки не пошкодив суті своєї природи, а тому всі люди народжуються без печатки первородного гріха. Через це люди можуть одними природними своїми силами, творячи добро, досягнути моральної досконалості та отримати спасіння душі, не потребуючи для цього надприродної Божої допомоги. Затвердившись у своєму вченні, Пелагій прибув для його поширення спочатку в Рим, а потім у Карфаген. Але проти цього лжевчення виступив блаженний Августин, єпископ міста Гіппон (сучасний Алжир). Знаючи за власним досвідом неміч людських сил для доброчесного життя, він у своїх творах розкрив необхідність Божественної благодаті для істинного християнського життя і вічного спасіння. Карфагенський Помісний Собор у 418 році засудив пелагіянську єресь. Рішення цього собору було підтверджене і Третім Вселенським Собором.
Після засудження єресей Собор прийняв кілька постанов дисциплінарного характеру, зокрема як слід зберігати непошкодженим Символ Віри: єпископ, який проповідує інше віросповідання, окрім Нікейського, позбавляється священного сану, а мирянин виганяється з Церкви.
Також Собор затвердив автокефалію Кіпрської Церкви.