Бажаючи навернути до Православної Церкви монофізитів, імператор Іраклій, видав указ, яким визнавав лжевчення Константинопольських патріархів Сергія І та Пірра, які хоча й визнавали в Ісусі Христі дві природи, Божу і людську, але стверджували, що в Христа була єдина Божественна воля. Це поклало початок нової єресі – монофелітів.
Проти нової єресі виступили Софроній Єрусалимський і константинопольський чернець Максим Сповідник, вчення якого було прийняте Папою Мартіном і Римською Церквою на помісному Латеранському соборі в 649 р., де була засуджена єресь монофелітів, які заперечували наявність у Христа людської волі.
Прийняте рішення ввійшло в протиріччя з офіційним віросповіданням імперії, за що Максим і Мартін були піддані репресіям: Максим Сповідник був засуджений і ув’язнений у монастирській тюрмі в Лазіці (сучасна Грузія), де і був замучений, не зрікшись своїх поглядів; Папа Мартін І був заарештований равенським екзархом (імператорським намісником Італії) і відправлений у Константинополь, де його засудили на смерть, яку замінили на прохання патріарха засланням у Крим, де він і помер. Незважаючи на спробу імператорів силою добитися запровадження компромісної версії монофелітів, вона не призвела до зближення з монофізитами і внесла тільки напруження в стосунках із Західною Церквою.
У підсумку вжиті імператором заходи не принесли бажаного миру, суперечки посилилися до такої міри, що виникла потреба в скликанні нового Вселенського Собору.
Шостий Вселенський собор відбувся в місті Константинополі за імператора Костянтина Погоната і став найдовшим з усіх соборів: Собор відкрився 7 листопада 680 року, а закінчився 16 вересня 681 року. Число учасників собору весь час зростало. Так на першому засіданні були присутніми 43 делегати, на останньому – 163, в їх числі Константинопольський та Антіохійський патріархи і три легати Римського Папи. При складанні правил були присутніми вже 240 учасників. Сам імператор був присутнім на 11 перших засіданнях і на останньому 18-му, де підписався під соборними протоколами з формулюванням “читав і схвалив”.
Шостий Вселенський Собор осудив і відкинув єресь монофелітів і ухвалив визнавати в Ісусі Христі два єства (природи) – Боже і людське, і – за цими двома єствами – дві волі, але так, що людська воля у Христі не противна, а покірна Його волі Божественній.
Відкритий монофеліт Антіохійський патріарх Макарій був засуджений та зміщений з посади. Монах Поліхромій, що прибув на Собор захищати монофелітів, пообіцяв воскресити мертвого. При великому зібранні народу чудо не сталося, що також посприяло засудженню монофелітів.