Але іконоборча єресь мала фатальні наслідки – вона ще сильніше віддалила Східну і Західну церкви. Коли ж, нарешті, на VІІ Вселенському соборі в Нікеї (останньому соборі, який визнають обидві Церкви) у 787 р. було відновлене шанування ікон, виявилося, що відстань між обома церквами дуже значна. На Заході було інше богослужіння, інша церковна мова, розвинулося шанування Богоматері та святих подвижників. Окрім того Константинопольські та інші східні патріархи повністю потрапили під владу імператора, тоді як Папи в особі франкських королів отримали надійних захисників, а, діставши частину земель Равенського екзархату і утворивши власний лен навколо Риму, – можливість для проведення власної незалежної політики. Усі ці чинники поглибили розкол між Церквами Сходу і Заходу.
Наступні ІХ та Х століття були періодом загострення протиріч між обома частинами Церкви, які в більшості випадків мали політичне підґрунтя. Ці протиріччя переросли в конфронтацію за Константинопольського патріарха Фотія (858-867, 878-886) і привели до розриву церков 15 липня 1054 р. за патріарха Михайла Керуларія (1043-1058). У літературі зустрічається твердження про взаємне прокляття обох церков. Однак ні латинська церква не відлучала грецьку, ні грецька – латинську. Постанови про відлучення стосувалися лише окремих осіб: римські легати відлучили патріарха, а через кілька днів патріарх відлучив легатів. Після розколу 1054 р. Апостольська церква розділилася на Католицьку (західну) та Православну (східну). Вони пішли різними шляхами. Православна церква все більше скорялася волі візантійських імператорів, які не вагаючись, зміщали непокірних патріархів. Католицька церква, яка за Папи Григорія VІІ (1073-1085) розпочала з римськими імператорами боротьбу за право інвеститури (поставлення церковних ієрархів), добилася звільнення від зверхності світської влади. До 1582 р., незважаючи на відмінність в обрядах і догматах, католики і православні продовжували святкувати Різдво в один час. До ХІІІ ст. не заборонялися шлюби між представниками обох конфесій. До середини XV ст. відбувалися взаємні діалоги і спроби об’єднання, зокрема на соборі в Барі в 1089 р., Другому Ліонському соборі 1274 р. і Ферраро-Флорентійському соборі 1439 р. (де обидві сторони домовилися про унію, реалізації якої завадило падіння Константинополя у 1453 р.). Навіть захоплення і пограбування французькими та венеційськими хрестоносцями Константинополя під час Четвертого хрестового походу (1204 р.) не призвело до взаємної ненависті. Хоча після цього на побутовому рівні рядові католики нерідко сприймали православну (грецьку) віру як різновид язичництва, а православні греки (особливо еліта) пробували знаходити “спільну мову” із мусульманами проти католиків-латинян.
Спроби порозуміння при цьому не переривалися. Ініціаторами виступали як Римські Папи, так і православні правителі, які продовжували на своїх територіях контролювати церкву. Прикладами таких порозумінь є коронації Папою та його легатами правителів Болгарії, Сербії і галицько-волинського князя Данила Романовича (1253 р.). Мотиви таких унійних спроб були переважно політичними, через що вони були приречені на невдачі аж до Берестейської (1596 р.) та Ужгородської (1646 р.) уній і Замойського синоду 1720 р.
Продовжуються діалоги і далі. У 1964 р. Римським Папою Павлом VІ і патріархом Константинопольським Афінагором І були зняті акти відлучення 1054 р., що стало першим кроком до примирення.
А 2001 р. Папа Іван Павло ІІ, перебуваючи з візитом у Греції, попросив вибачення за злочини, вчинені хрестоносцями в 1204 р.
ХХІ століття повинне завершитися подоланням протиріч між обома церквами, більшість яких і далі носять характер скоріше політичний, ніж теологічний.